Le différence clé entre l'éclipse et la période latente est que la période d'éclipse est le moment de la synthèse des protéines phagiques et des acides nucléiques à l'intérieur de la cellule hôte, tandis que la période latente est le temps entre l'injection du génome viral dans la cellule et la lyse de la cellule hôte.
Un bactériophage (phage) est une particule virale intracellulaire obligatoire qui infecte et se propage au sein d'une bactérie spécifique. Ceux-ci sont également connus sous le nom de mangeurs de bactéries car ils agissent comme des agents bactéricides. La forme complexe de la tête et de la queue est la forme la plus courante des bactériophages. Ils infectent les bactéries hôtes afin de se reproduire. Au début de l'infection, ils se fixent étroitement à la paroi cellulaire bactérienne à l'aide de leurs récepteurs de surface et injectent leur matériel génétique dans la cellule hôte. Ensuite, leur infection peut se produire via deux cycles: cycle lytique et lysogène.
Dans le cycle lytique, les bactériophages infectent les bactéries et tuent rapidement la cellule bactérienne hôte par lyse. Dans le cycle lysogène, le matériel génétique viral s'intègre au génome bactérien ou aux plasmides et existe dans la cellule hôte pendant de nombreuses générations sans tuer la bactérie hôte. Le processus d'infection suit différentes périodes comme la période latente, la période d'éclipse, la période de montée, etc.