La principale différence entre le flux d'énergie et le cycle de la matière est que le flux d'énergie montre la transmission d'énergie d'un niveau trophique au niveau trophique suivant dans les chaînes alimentaires, tandis que le cycle de la matière montre le flux ou le cycle des éléments à travers les parties vivantes et non vivantes des écosystèmes.
L'énergie circule dans un écosystème à travers les chaînes alimentaires. De même, les éléments parcourent différentes parties de la Terre. Le soleil est la source d'énergie de la plupart des écosystèmes. Les producteurs primaires transforment l'énergie de la lumière du soleil en glucides. Les consommateurs, en particulier les herbivores, consomment des aliments produits par les producteurs. Ensuite, les carnivores et les omnivores dépendent des herbivores. De même, l'énergie circule à travers différents niveaux trophiques. Dans le même temps, la matière se recycle via différents processus. En fait, l'énergie et la matière se déplacent d'un organisme à un autre dans les chaînes alimentaires.