La principale différence entre CRISPR et CRISPR Cas9 réside dans le fait que CRISPR (répétition palindromique courte et régulièrement intercalée) est un mécanisme de défense immunitaire procaryote naturel, tandis que CRISPR cas9 est une nucléase Cas9 guidée par l'ARN qui fait partie du système immunitaire adaptatif CRISPR.
CRISPR est un système immunitaire de défense antiviral présent dans les bactéries et les archées. C'est une famille de séquences d'ADN présentes dans le génome bactérien. Il se compose de séquences d'espacement dérivées de fragments d'ADN de bactériophages qui les avaient précédemment infectés. Dans les infections virales ultérieures, les bactéries utilisent ces séquences pour détruire l'ADN viral. Les séquences CRISPR ont de courtes répétitions palindromiques et des séquences d'espacement. De plus, les séquences d'espacement répétées CRISPR ont souvent des gènes associés qui codent pour les protéines Cas. Cas9 est une endonucléase guidée par l'ARN. Avec les séquences CRISPR, la protéine Cas9 agit comme un système immunitaire adaptatif des bactéries contre les bactériophages.
