La principale différence entre les Agnathans et les Gnathostomata est que les Agnathans sont des organismes qui ne possèdent pas de mâchoire tandis que les Gnathostomata sont des organismes avec des mâchoires. Cette différence clé joue un rôle majeur dans la forme d'alimentation qu'ils subissent.
Les Agnathans sont des poissons sans mâchoires. Les gnathostomes sont des poissons qui ont des mâchoires. Les agnathiques et les gnathostomes sont très importants pour déterminer les relations évolutives. Ce sont des vertébrés et vivent dans des milieux aquatiques. Ils montrent des modèles variés pour leur survie. Cependant, les premiers organismes de chaque groupe sont maintenant éteints.