La principale différence entre la codominance et les allèles multiples est que la codominance exprime les effets des deux allèles indépendamment, sans se mélanger à l'état hétérozygote, tandis que les allèles multiples se réfèrent à l'état d'un trait qui a plus de deux allèles différents.
Généralement, chaque gène est livré avec deux allèles différents. L'un est un allèle dominant tandis que l'autre est un allèle récessif. Selon l'hérédité mendélienne, l'allèle dominant exprime son phénotype tout en supprimant l'allèle récessif à l'état hétérozygote. Cependant, certains gènes ont trois allèles différents ou plus pour un trait. Ils sont appelés allèles multiples. De plus, la codominance est un héritage non mendélien. Dans ce phénomène, la progéniture reçoit les deux gènes parents en tant que combinaison des deux gènes. Par conséquent, les deux gènes sont exprimés de manière égale dans la progéniture.