La principale différence entre CDS et ADNc est que CDS ou séquence codante est la partie d'un transcrit qui est réellement traduite en protéine, tandis que la séquence d'ADNc est une séquence d'ADN dérivée de l'ARNm par transcription inverse.
Un gène est une séquence nucléotidique qui code pour une protéine. Il se compose de différentes régions en tant que région promotrice, site d'initiation de la transcription, exons, codon de départ, introns et codon d'arrêt. Par conséquent, un gène a à la fois des séquences codantes et non codantes. Les séquences de codage ou CDS se réfèrent aux exons et aux deux codons, qui sont le codon de départ et le codon d'arrêt. C'est la séquence qui est effectivement traduite en protéine. En revanche, l'ADNc est une séquence d'ADN dérivée de l'ARNm par transcription inverse.