Le différence clé entre la zooidogamie et la siphonogamie est que la zooidogamie est une condition dans laquelle les gamètes mâles nagent dans l'eau pour atteindre leurs gamètes femelles, tandis que la siphonogamie est une condition dans laquelle des tubes polliniques sont développés pour transporter les gamètes mâles aux gamètes femelles.
La reproduction sexuée se produit de différentes manières parmi différents groupes de plantes. Afin de compléter la fécondation, les gamètes mâles doivent atteindre les gamètes femelles. La zooidogamie et la siphonogamie sont deux façons d'expliquer comment les gamètes mâles se déplacent vers les gamètes femelles. Dans la zooidogamie, les gamètes mâles nagent vers les gamètes femelles tandis que dans la siphonogamie, les gamètes mâles voyagent à travers un tube pollinique vers les gamètes femelles. Par exemple, les algues, les bryophytes, les ptéridophytes et certains gymnospermes présentent une zooidogamie tandis que les plantes à graines présentent une siphonogamie.
