Le différence clé entre la mutation silencieuse et neutre est que la mutation silencieuse est un type spécifique de mutation neutre qui n'a pas d'effet observable sur le phénotype de l'organisme, tandis que la mutation neutre est un changement dans la séquence d'ADN qui n'est ni bénéfique ni nuisible à la capacité de un organisme pour survivre et se reproduire.
Une mutation est un changement qui se produit dans la séquence nucléotidique de l'ADN. La mutation peut avoir lieu en raison de facteurs environnementaux tels que la fumée de cigarette et la lumière UV ou en raison d'attaques virales, de produits chimiques puissants, etc. dans les prochaines générations, et ils affecteront la survie d'un seul organisme. Les mutations silencieuses n'entraînent pas de changements dans la séquence d'acides aminés de la protéine codée. Les mutations neutres ne provoquent pas d'effet observable sur le phénotype de l'organisme.