La principale différence entre le mésenchyme et l'ectomesenchyme dépend du type de cellules qu'ils contiennent. Le mésenchyme contient des cellules lâches qui migrent facilement pour former le tissu de base du collagène et du tissu osseux et cartilagineux, tandis que l'ectomésenchyme contient des cellules de la crête neurale et forme les tissus du cou et du crâne.
Le mésenchyme et l'ectomesenchyme sont tous deux présents au stade embryonnaire. Le développement du mésenchyme et de l'ectomesenchyme est important pour étudier le développement de divers tissus issus de ces cellules.