La principale différence entre les oomycètes et les zygomycètes est que les oomycètes ne contiennent pas de chitine sur leurs parois cellulaires au lieu de cela, ils contiennent de la cellulose, des bêta-glucanes et un acide aminé hydroxyproline, tandis que les zygomycètes contiennent du chitosane sur leurs parois cellulaires. Une autre différence entre les oomycètes et les zygomycètes est que l'état végétatif des oomycètes est diploïde tandis que les zygomycètes sont haploïdes ou dicaryotes.
Les oomycètes et les zygomycètes sont des organismes eucaryotes microscopiques. Les oomycètes ressemblent à de vrais champignons. Mais ce sont des moisissures à eau. Les zygomycètes sont une classe majeure de phylum Zygomycota qui sont de véritables champignons. Ce sont des champignons environnementaux omniprésents, saprophytes.