La principale différence entre l'inactivation de X et l'empreinte génomique est que l'inactivation de X est le processus par lequel une copie du chromosome X est inactivée chez certaines femmes, tandis que l'empreinte génomique est un processus qui dépend du parent d'origine et c'est le processus dans lequel des copies de les gènes sont exprimés de manière différentielle.
L'inactivation du X et l'empreinte génomique sont deux processus qui peuvent conduire à une expression monoallélique. En termes simples, les deux phénomènes provoquent la désactivation d'une copie d'un gène. L'empreinte génomique a lieu dans des gènes spécifiques, tandis que l'inactivation de X provoque l'inactivation des gènes dans tout le chromosome X. Cependant, les deux processus entraînent une diminution de l'expression des gènes.
