Le différence clé entre la plastoquinone et la plastocyanine est que la plastoquinone est une molécule porteuse lipophile qui transfère les électrons à la plastocyanine via le complexe protéique du cytochrome b6f. Mais, la plastocyanine est une petite protéine de cuivre bleu soluble dans l'eau qui accepte une paire d'électrons du complexe cytochrome b 6 f et la transmet au photosystème I dans l'espace thylacoïde.
La photosynthèse a deux types de réactions: les réactions dépendant de la lumière et les réactions indépendantes de la lumière. Ces deux types de photosystèmes jouent un rôle important dans les réactions dépendant de la lumière. Ce sont les photosystèmes I et II. Les photosystèmes sont de grands complexes de protéines et de pigments ou de molécules absorbant la lumière. Ils captent l'énergie de la lumière du soleil. P700 est le centre de réaction du photosystème I tandis que P680 est le centre de réaction du photosystème II. Chaque photosystème absorbe la lumière et produit de l'ATP par photophosphorylation. Ils produisent également NADPH. Plusieurs types d'accepteurs d'électrons participent aux réactions dépendant de la lumière. La plastoquinone et la plastocyanine sont deux types de molécules impliquées dans la chaîne de transport d'électrons.
