La principale différence entre les racines parasites et les mycorhizes est que les racines parasites sont les racines de plantes parasites non photosynthétiques, tandis que les mycorhizes sont un type d'association mutualiste qui existe entre les racines de la plante supérieure photosynthétique et un champignon.
Le parasitisme et le mutualisme sont deux associations symbiotiques existant entre deux espèces différentes qui vivent ensemble. Le parasitisme n'est bénéfique que pour le parasite car le parasite obtient des aliments et d'autres besoins de l'hôte tout en lui nuisant. En revanche, le mutualisme profite aux deux partenaires qui font partie de l'association. Les mycorhizes sont un type d'association mutualiste qui se produit entre une plante supérieure et un champignon. Le champignon vit dans les racines des plantes supérieures. Les plantes supérieures fournissent des aliments au champignon tandis que le champignon absorbe l'eau et les nutriments du sol à la plante.