La principale différence entre l'allogamie et l'autogamie est que l'allogamie est la fusion de gamètes mâles et femelles provenant de deux individus différents, tandis que l'autogamie est la fusion des gamètes mâles et femelles du même individu. Une autre différence entre l'allogamie et l'autogamie en ce qui concerne la progéniture produite est que l'allogamie produit une progéniture génétiquement différente tandis que l'autogamie produit une progéniture génétiquement identique.
La fusion d'un gamète mâle avec un gamète femelle est la fécondation. Un zygote se développe à la suite de la fécondation, puis subit une division cellulaire pour produire une nouvelle progéniture. En outre, la fertilisation peut être de deux types; autofécondation ou fertilisation croisée. L'allogamie est synonyme de fertilisation croisée et l'autogamie est synonyme d'autofécondation.
