Le différence clé entre le micronoyau et le macronoyau est que le micronoyau est le plus petit noyau qui contient le génome germinal des protozoaires ciliés, tandis que le macronoyau est le plus grand noyau, contenant le génome somatique des protozoaires ciliés.
Le dimorphisme nucléaire est le phénomène d'avoir deux types différents de noyaux dans la même cellule. C'est une caractéristique particulière présente dans les ciliés protozoaires et certains foraminifères. Ces deux noyaux sont le macronoyau et le micronoyau. Ils contiennent des génomes séparés. Le macronoyau est le plus gros qui contrôle le métabolisme des protozoaires ciliés tandis que le micronoyau est le plus petit qui remplit les fonctions de reproduction et génère le macronoyau.
