La principale différence entre les protéines régulatrices et répressives est que la protéine régulatrice peut favoriser ou inhiber la transcription des gènes. Pendant ce temps, la protéine répresseur inhibe l'expression d'un ou plusieurs gènes.
Avant d'aller plus loin dans la discussion sur la différence entre les protéines régulatrices et répressives, discutons brièvement de la régulation des gènes. Le gène est une séquence nucléotidique spécifique dans laquelle l'information génétique est cachée afin de synthétiser une protéine. L'expression génique peut être régulée de différentes manières. Grâce à différents mécanismes, les cellules contrôlent l'expression des gènes et leurs niveaux d'expression. Généralement, la régulation génique se produit au niveau de la transcription. La protéine régulatrice et la protéine répressive sont deux types de protéines impliquées dans la régulation génique au niveau de la transcription. Ces protéines régulatrices et protéines répressives se lient à une séquence spécifique près du gène et influencent la transcription du gène.