shARN vs siARN
Au cours du processus d'interférence ARN (ARNi), l'expression d'un gène cible est renversée avec une spécificité et une sélectivité élevées. L'ARNi est un processus naturel, et il implique de petits ARN interférents (siRNA) et des ARN en épingle à cheveux courts (shRNA) et des shRNA bifonctionnels. Actuellement, l'ARNi est largement utilisé comme outil de traitement personnalisé du cancer. Les applications de l'ARNi se font essentiellement avec les molécules d'ARNsi double brin synthétisées chimiquement et de shRNA à base de vecteurs. Bien que ces deux molécules aient des résultats fonctionnels similaires, elles diffèrent par leur structure; ainsi, les mécanismes moléculaires d'action, les voies de l'ARN et les effets hors cible de ces deux molécules diffèrent également.
shRNA
shRNA est une séquence de petite molécule d'ARN qui fait un tour en épingle à cheveux serré qui peut être utilisée pour réduire au silence une expression de gène cible pendant l'ARNi. L'expression du shRNA est obtenue par un vecteur, qui peut être soit un virus, soit une bactérie, soit par délivrance de plasmides. Ils sont synthétisés dans le noyau des cellules et transportés vers le cytoplasme pour d'autres processus. Ces molécules ont des voies de maturation similaires des miARN; ainsi la synthèse de miARN a fourni les bases pour la compréhension de la synthèse de shRNA. L'ARN polymérase II ou III peut transcrire le shRNA via des promoteurs d'ARN polymérase II ou III. L'avantage de l'utilisation des shARN est qu'ils ont un taux de dégradation et de renouvellement relativement faible. L'inconvénient est qu'il a besoin d'un vecteur d'expression, ce qui peut entraîner des problèmes de sécurité.
siARN
Les ARNsi sont des molécules d'ARN double brin composées de 20 à 25 paires de bases de longueur. Ceux-ci sont utilisés pour la suppression de gène en faisant taire tout gène avec une séquence nucléotidique complémentaire dans la voie de l'ARNi. Le knockdown génique par transfection de siRNA est souvent infructueux en raison de l'effet transitoire; en particulier dans les cellules à division rapide et la suppression ne dure pas plus longtemps. Pour surmonter ce problème, l'ARNsi est modifié en introduisant une structure en épingle à cheveux courte. Cette molécule modifiée alors connue sous le nom de shRNA. shRNA doit être converti en siRNA par un Dicer afin de poursuivre sa fonction normale.
Quelle est la différence entre shRNA et siRNA?
• Contrairement au siRNA, le shRNA a une structure en épingle à cheveux supplémentaire. shRNA est une version modifiée de siRNA.
• shRNA nécessite un vecteur d'expression, contrairement à l'ARNsi.
• Le shRNA peut être utilisé pour le knockdown à long terme tandis que l'ARNsi peut être utilisé uniquement pour le knockdown à court terme des gènes.
• Contrairement à la suppression du gène de l'ARNsi, la suppression du shRNA est de longue durée, et s'il est inséré via un vecteur viral approprié, il peut produire des effets permanents de silençage génique.
• Dicer doit reconvertir le shRNA en molécule d'ARNsi afin d'exécuter ses fonctions normales.
