Différence clé - Traduction Nick vs Primer Extension
La traduction Nick et l'extension d'amorce sont deux techniques importantes réalisées en biologie moléculaire. La principale différence entre la traduction de coupure et l'extension d'amorce est que le processus de traduction de coupure produit des sondes marquées pour d'autres techniques d'hybridation tandis que la méthode d'extension d'amorce identifie une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange et révèle des informations sur l'expression de l'ARNm. Les deux techniques ont une grande importance et sont régulièrement effectuées dans les laboratoires de recherche moléculaire.
CONTENU
1. Présentation et différence clé
2. Qu'est-ce que Nick Translation
3. Qu'est-ce que Primer Extension
4. Comparaison côte à côte - Nick Translation vs Primer Extension
5. Résumé
Qu'est-ce que Nick Translation?
La traduction de Nick est une technique importante utilisée pour préparer des sondes marquées pour diverses techniques de biologie moléculaire telles que le transfert, l'hybridation in situ, l'hybridation fluorescente in situ, etc. Il s'agit d'une méthode in vitro de marquage ADN. Les sondes ADN sont utilisées pour identifier des séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques. À l'aide d'une sonde marquée, des fragments spécifiques peuvent être marqués ou visualisés à partir d'un mélange complexe d'acide nucléique. Par conséquent, les sondes marquées sont préparées en utilisant diverses techniques à utiliser pour différentes techniques. La traduction Nick est l'une de ces méthodes qui produit des sondes marquées à l'aide des enzymes DNase 1 et ADN polymérase 1.
Le processus de traduction d'entaille commence par l'activité enzymatique DNase 1. La DNase 1 introduit des entailles dans le squelette phosphate de l'ADN double brin en coupant les liaisons phosphodiester entre les nucléotides. Une fois l'entaille créée, un groupe 3 'OH libre du nucléotide sera produit et l'enzyme ADN polymérase 1 agira sur lui. L'activité d'exonucléase 5 'à 3' de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides de l'entaille vers la direction 3 'du brin d'ADN. Simultanément, l'activité polymérase de l'enzyme ADN polymérase 1 fonctionne et ajoute des nucléotides pour remplacer les nucléotides retirés. Si les nucléotides ont été marqués, le remplacement se fera par les nucléotides marqués et il marquera l'ADN pour identification. Cet ADN marqué nouvellement synthétisé peut être utilisé comme sonde dans diverses réactions d'hybridation en biologie moléculaire.
Figure 01: Processus de traduction de Nick
Qu'est-ce que Primer Extension?
L'extension d'amorce est une technique qui est utilisée pour trouver une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange d'ARN et localiser l'extrémité 5 'du transcrit d'ARNm. Il est également utilisé pour étudier la structure de l'ARN et l'expression. La méthode d'extension d'amorce est réalisée avec des amorces marquées ou avec des nucléotides marqués. Si des amorces marquées sont utilisées, cela exclut la nécessité de marquer les nucléotides qui sont utilisés pour la synthèse de l'ADNc. Il y a plusieurs étapes dans cette technique. Cela commence par l'extraction de l'ARN de l'échantillon. Ensuite, une amorce oligonucléotidique marquée est ajoutée au mélange avec les ingrédients nécessaires pour synthétiser l'ADNc d'une séquence d'ARN spécifique. L'amorce se recuit avec la séquence complémentaire du mélange. En utilisant la séquence recuite d'amorce comme modèle,l'enzyme transcriptase inverse synthétise l'ADN complémentaire (ADNc) de la séquence d'ARN. L'hybridation d'amorces et la transcription inverse se produisent uniquement lorsque la séquence d'ARN spécifique est présente dans l'échantillon. Enfin, lorsque l'électrophorèse sur gel dénaturant est effectuée, la taille de la séquence d'ARN peut être déterminée. Il est également facile de trouver la base +1 de la séquence d'ARNm (site d'initiation de la transcription) par la méthode d'extension d'amorce. La quantité d'ARNm présente dans l'échantillon peut être quantifiée par cette méthode si un excès d'amorce est utilisé. Il est également facile de trouver la base +1 de la séquence d'ARNm (site d'initiation de la transcription) par la méthode d'extension d'amorce. La quantité d'ARNm présente dans l'échantillon peut être quantifiée par cette méthode si un excès d'amorce est utilisé. Il est également facile de trouver la base +1 de la séquence d'ARNm (site d'initiation de la transcription) par la méthode d'extension d'amorce. La quantité d'ARNm présente dans l'échantillon peut être quantifiée par cette méthode si un excès d'amorce est utilisé.
Figure 02: Extension d'amorce
Quelle est la différence entre Nick Translation et Primer Extension?
Diff article au milieu avant la table
Nick Translation vs Primer Extension |
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| La traduction Nick est un processus qui crée des sondes ADN marquées pour diverses réactions d'hybridation. | L'extension d'amorce est une technique utilisée pour trouver un ARN spécifique ou pour étudier l'expression génique. |
| Enzymes utilisées | |
| Les enzymes DNase 1 et ADN polymérase sont utilisées. | L'enzyme de transcriptase inverse est utilisée. |
| Importance | |
| La traduction Nick facilite le marquage d'une séquence d'ADN spécifique. | L'extension d'amorce permet la détection de la taille de la séquence d'ARNm spécifique et de la quantité présente dans l'échantillon. |
Résumé - Nick Translation vs Primer Extension
La traduction par Nick est une méthode utilisée pour synthétiser des sondes marquées basée sur les activités des enzymes ADN polymérase 1 DNase 1 et E coli. Il s'agit d'une méthode in vitro utilisée dans les laboratoires avant différentes techniques d'hybridation. Pendant la traduction d'entaille, l'activité d'exonucléase 5'-3 'de l'ADN polymérase 1 supprime les nucléotides avant l'entaille et l'activité polymérase de l'ADN polymérase 1 remplace les nucléotides retirés par des nucléotides marqués derrière l'entaille. L'extension d'amorce est une méthode qui est utilisée pour détecter un transcrit d'ARN spécifique à partir d'un mélange et quantifier la taille et la quantité de l'ARN d'intérêt. C'est la différence entre la traduction de pseudo et l'extension d'amorce.
