La principale différence entre le gène candidat et le GWAS est que l'approche du gène candidat étudie la variation génétique dans un petit nombre de gènes d'intérêt pré-spécifiés, tandis que le GWAS étudie le génome entier pour une variation génétique commune derrière une maladie particulière.
L'approche du gène candidat et les études d'association à l'échelle du génome (GWAS) sont deux méthodes importantes pour détecter la susceptibilité génétique aux maladies. L'approche du gène candidat est basée sur un petit nombre pré-spécifié de gènes tandis que GWAS est basé sur le test du génome entier. Par conséquent, l'approche du gène candidat nécessite une connaissance préalable des gènes pertinents pour la maladie, contrairement au GWAS.