La principale différence entre les glyoxysomes et les peroxisomes est que les glyoxysomes ne sont présents que dans les cellules végétales et les champignons filamenteux, tandis que les peroxysomes sont présents dans presque toutes les cellules eucaryotes. Les glyoxysomes sont abondants dans les cellules végétales des graines en germination tandis que les peroxysomes sont abondants dans les cellules hépatiques et rénales.
Ces deux organites sont des micro-corps présents dans les cellules eucaryotes. Les glyoxysomes sont des peroxysomes spécialisés que l'on ne trouve que dans les cellules végétales et les champignons filamenteux. Les peroxisomes sont des organites qui aident à briser les longues chaînes d'acides gras et à détoxifier la cellule. Ils dégradent les alcools et autres composés nocifs.