Le différence clé entre l'endocytose et l'exocytose est que l'endocytose amène des substances dans la cellule tandis que l'exocytose transporte des substances vers l'extérieur de la cellule.
Une cellule a une membrane cellulaire qui agit comme une barrière entre l'intérieur de la cellule et l'environnement externe. Par conséquent, ayant une telle membrane, les cellules ont besoin d'une sorte de mécanisme de transport pour se connecter à l'environnement externe. Par exemple, les cellules doivent obtenir des nutriments et excréter les déchets de la cellule. À cette fin, les cellules ont quatre mécanismes de transport de base: la diffusion, l'osmose, le transport actif et le transport en vrac. La diffusion et l'osmose sont des processus passifs tandis que le transport actif et le transport en vrac sont des processus actifs qui consomment de l'énergie. L'endocytose et l'exocytose sont deux types de mécanismes de transport en vrac, qui transportent de grosses particules à travers la membrane plasmique, soit de la cellule vers l'environnement externe, soit de l'environnement externe vers la cellule. Ces deux mécanismes forment des vésicules liées à la membrane comme moyen de transport.
