La principale différence entre les autotrophes et les hétérptrophes est que les autotrophes sont les organismes qui obtiennent le carbone à partir de sources de carbone inorganiques telles que le dioxyde de carbone, tandis que les hétérotrophes sont les organismes qui obtiennent le carbone à partir des sources de carbone organique.
Un organisme vivant ne peut utiliser que deux sources d'énergie afin de synthétiser ses besoins organiques. Ce sont l'énergie lumineuse et l'énergie chimique basées sur le fait qu'il existe deux grands groupes d'organismes, à savoir les phototrophes et les chimiotrophes. Les phototrophes utilisent l'énergie lumineuse comme source d'énergie tandis que les chimiotrophes utilisent l'énergie chimique comme source d'énergie. Les phototrophes sont les organismes qui effectuent la photosynthèse. Les organismes peuvent également être autotrophes ou hétérotrophes selon que leur source de carbone est organique ou inorganique. Les autotrophes utilisent le carbone inorganique (dioxyde de carbone) comme source de carbone tandis que les hétérotrophes utilisent le carbone organique comme source de carbone.
