La principale différence entre la similitude et l'identité dans l'alignement des séquences est que la similitude est la ressemblance (ressemblance) entre deux séquences en comparaison, tandis que l'identité est le nombre de caractères qui correspondent exactement entre deux séquences différentes.
La bioinformatique est un domaine scientifique interdisciplinaire qui implique principalement la biologie moléculaire et la génétique, l'informatique, les mathématiques et les statistiques. L'alignement de séquence est un terme majeur en bioinformatique. C'est la procédure dans laquelle les séquences d'ADN, d'ARN ou de protéine sont arrangées pour identifier les régions de ressemblance qui sont une conséquence de la relation fonctionnelle, structurelle ou évolutive entre les séquences. À la fin de l'alignement, ils seront présentés sous forme de lignes dans une matrice. Afin d'aligner les caractères identiques dans des colonnes successives, des espaces insérés sont présents entre les résidus.