La principale différence entre un congénère et un isomère est que le congénère fait référence à des composés chimiques ayant des structures similaires et des propriétés similaires. Pendant ce temps, isomère fait référence à des molécules ayant la même formule chimique mais des structures différentes.
Les termes congénère et isomère désignent des groupes de composés qui sont regroupés selon leurs similitudes. Le terme congénère peut avoir différentes définitions, mais en chimie, nous utilisons principalement la définition selon laquelle les congénères sont des composés chimiques ayant des structures similaires et des propriétés similaires. Les isomères, par contre, sont des composés ayant des structures différentes mais une composition atomique similaire; par conséquent, ils ont également des propriétés différentes.