Le différence clé entre la pyridine et la pyrimidine est que la structure de la pyridine ressemble à la structure du benzène avec un groupe méthyle remplacé par un atome d'azote, tandis que la structure de la pyrimidine, bien qu'elle ressemble aussi à la structure du benzène, a deux groupes méthyle remplacés par des atomes d'azote.
La pyridine et la pyrimidine sont des composés organiques. Ceux-ci sont appelés composés organiques hétérocycliques car ce sont des structures cycliques ayant deux types d'atomes différents formant le cycle. Ces structures cycliques contiennent des atomes de carbone et d'azote.