Le différence clé entre la bactériochlorophylle et la chlorophylle est que les phototrophes anoxygéniques, tels que les bactéries violettes, les héliobactéries et les bactéries soufrées vertes, etc. ont des bactériochlorophylles, tandis que les phototrophes oxygénés tels que les plantes vertes, les algues et les cyanobactéries ont des chlorophylles.
Il existe deux types de photosynthèse; photosynthèse oxygénée et photosynthèse anoxygénique. Il existe également deux types de pigments photosynthétiques comme la chlorophylle et la bactériochlorophylle. Les phototrophes oxygéniques ont de la chlorophylle tandis que les phototrophes anoxygéniques ont une bactériochlorophylle. La bactériochlorophylle et la chlorophylle sont similaires dans la structure globale. Mais ils diffèrent dans les substitutions autour de l'anneau et dans la longueur et les substitutions sur la queue de phytol. Il existe quatre types de chlorophylles alors qu'il existe sept types de bactériochlorophylles.
