La principale différence entre la fluxionnalité et la tautomérie est que la fluxionnalité fait référence à l'échange de certains ou de tous les atomes d'une molécule, tandis que la tautomérie fait référence à l'échange de protons entre molécules.
Les deux termes fluxionalité et tautomérie se réfèrent à l'échange d'atome (s) entre différentes positions telles que les positions axiale et équatoriale. Si ces différentes positions reposent sur la même molécule, alors c'est la fluxionnalité. Mais si l'atome qui est échangé est un atome d'hydrogène (un proton) et des positions sont dans deux molécules différentes, alors cela s'appelle la tautomérie.