La principale différence entre le polymorphisme transitoire et équilibré est basée sur le comportement des allèles. Le polymorphisme transitoire est le remplacement progressif d'un allèle d'un gène par un autre allèle tandis que le polymorphisme équilibré est le maintien des deux allèles différents d'un gène au fil du temps
Le polymorphisme génétique est une ou deux ou plusieurs variantes d'un ADN particulier. Le polymorphisme transitoire et équilibré sont deux types de polymorphisme qui surviennent en raison de deux allèles alternés d'un gène. Dans le polymorphisme transitoire, à partir des deux allèles alternés d'un locus donné, un allèle est progressivement remplacé par un autre. En polymorphisme équilibré, les deux allèles sont en équilibre l'un avec l'autre. Les deux versions du gène sont maintenues dans la population.
