La principale différence entre l'auto-incompatibilité gamétophytique et sporophytique est que dans le système d'auto-incompatibilité gamétophytique, le phénotype du pollen est déterminé par son génotype haploïde gamétophytique tandis que dans l'auto-incompatibilité sporophytique, le phénotype du pollen est déterminé par le génotype diploïde de la plante.
L'auto-incompatibilité est un mécanisme de contrôle de la pollinisation chez les plantes. Il empêche principalement l'auto-pollinisation et impose la pollinisation croisée, ce qui est un avantage évolutif. L'auto-incompatibilité se produit à la suite d'interactions chimiques négatives entre le pollen et le tissu de style dans le même allèle. Bien que les pollens et les pistils soient viables et fertiles, la germination du pollen n'a pas lieu dans ces plantes. Lorsque la germination du pollen ne se produit pas, le tube pollinique ne peut pas se former. Ensuite, les pollens ne parviennent pas à livrer les gamètes mâles aux gamètes femelles pour la fécondation. En conséquence, ils ne peuvent pas produire de graines.
Il existe deux principaux systèmes d'auto-incompatibilité: l'auto-incompatibilité gamétophytique et l'auto-incompatibilité sporophytique. Ce sont des systèmes d'auto-incompatibilité à locus unique qui sont basés sur un seul locus multi-allélique (S). Ce locus se compose d'un pistil exprimant le gène S et d'un pollen exprimant le gène S.
