La principale différence entre la maladie de Paget et l'eczéma est que la maladie de Paget est un trouble focal du remodelage osseux et que l'eczéma est une affection inflammatoire de la peau caractérisée par des groupes de lésions vésiculaires avec un degré variable d'exsudats et de desquamation.
La maladie de Paget survient en raison de mutations dans certains gènes tels que le facteur nucléaire kappa B, le séquestosome p62 et l'ostéoprotégérine. D'autre part, l'eczéma survient à la suite de réactions d'hypersensibilité montées contre différents allergènes. Cette différence de pathogenèse est la principale différence entre les deux maladies.