Le différence clé entre le caryotype et l'idiogramme est que le caryotype est l'image réelle des chromosomes totaux d'une cellule, tandis que l'idiogramme est un diagramme schématique d'un caryotype qui illustre toutes les cartes chromosomiques.
Un ensemble de chromosomes représente le génome et l'information génétique d'un organisme. Chaque chromosome a une forme, une taille et un ensemble de gènes uniques. Le nombre et les structures physiques des chromosomes révèlent des informations importantes concernant l'organisme. Le caryotypage est une technique utilisée pour examiner l'ensemble complet des chromosomes d'une cellule. Les chromosomes totaux sont collectés et analysés au cours de ce test pour déterminer s'il existe des anomalies numériques ou structurelles dans les chromosomes. L'image réelle qui montre les chromosomes totaux d'une cellule est le caryotype tandis que le diagramme schématique des chromosomes totaux d'une cellule est l'idiogramme. Les deux sont importants dans les études cytogénétiques.