La principale différence entre la complémentation et la recombinaison est que la complémentation est la capacité de deux mutants en combinaison à restaurer un phénotype normal, tandis que la recombinaison est l'échange de matériel génétique entre les chromosomes, entraînant des altérations physiques des chromosomes.
La complémentation et la recombinaison sont deux concepts qui produisent des organismes génétiquement différents. La complémentation rétablit le phénotype normal lorsque deux mutants se combinent tandis que la recombinaison donne naissance à un organisme dont la constitution génétique est modifiée en raison de l'échange de matériel génétique entre les organismes.