La principale différence entre l'endosymbiose et la symbiose est que l'endosymbiose est une théorie qui décrit comment les mitochondries et les chloroplastes sont entrés dans les cellules eucaryotes, tandis que la symbiose est une interaction à long terme existant entre deux espèces vivantes différentes.
Les organismes d'un écosystème interagissent les uns avec les autres de différentes manières. La symbiose est une interaction qui existe entre deux espèces différentes vivant ensemble. Certaines interactions profitent aux deux parties, tandis que certaines interactions restent neutres. Cependant, certaines autres interactions sont préjudiciables à une partie, en particulier à l'organisme hôte, tandis que l'autre partie reçoit des avantages aux frais de l'hôte. Nous pouvons voir tous ces types d'interactions dans un écosystème. Cependant, ces types d'interactions sont vitales pour la stabilité d'un écosystème. L'endosymbiose, en revanche, est une théorie qui explique l'origine de la cellule eucaryote à partir d'une cellule procaryote.