Le différence clé entre les mitochondries et le kinétoplaste est que les mitochondries sont des organites de cellules eucaryotes qui produisent de l'énergie (ATP). Pendant ce temps, le kinétoplaste est un réseau d'ADN circulaire présent à l'intérieur d'une grande mitochondrie, en particulier dans les protozoaires de la classe Kinetoplastea.
Les cellules eucaryotes ont différents types d'organites cellulaires. Ces différents organites remplissent différentes fonctions au sein de la cellule vivante. Parmi ceux-ci, les mitochondries sont l'un des organites liés à la membrane observés dans une cellule eucaryote. Ce sont les organites responsables de la production d'énergie (sous forme d'ATP) dans les cellules. Par conséquent, ils sont considérés comme des centrales électriques de la cellule. Les mitochondries ont leur propre génome, qui est un ADN circulaire hérité de la mère. Kinetoplast est le réseau d'ADN circulaire observé dans la grande mitochondrie des organismes appartenant à la classe Kinetoplastida. Par conséquent, les kinétoplastes ne sont visibles que dans ce sous-domaine eucaryote.
