La principale différence entre les gènes orthologues et paralogues est que les gènes orthologues sont les gènes homologues trouvés dans différentes espèces en raison de la spéciation et qu'ils remplissent la même fonction … En revanche, les gènes paralogues sont les gènes trouvés dans une seule espèce en raison de la duplication et ils peuvent avoir des fonctions différentes.
L'homologie est le processus de descente d'un ancêtre commun. Par conséquent, les gènes homologues proviennent de gènes ancêtres communs. Les gènes orthologues et paralogues sont deux types de gènes homologues. Les gènes orthologues se trouvent dans différentes espèces. Ils ont évolué en raison de la spéciation et peuvent remplir une fonction similaire. En revanche, les gènes paralogues se trouvent au sein d'une seule espèce. Ils sont le résultat d'une duplication génétique et peuvent avoir différentes fonctions.