Le différence clé entre l'anammox et la dénitrification est que l'anammox fait référence à l'oxydation anaérobie de l'ammonium, qui convertit l'ammonium et les nitrites en azote gazeux dans des conditions anoxiques. Pendant ce temps, alors que la dénitrification est la transformation biologique du nitrate en N 2 par des bactéries dénitrifiantes.
Le cycle de l'azote est un cycle biogéochimique important dans lequel l'azote est converti en différentes formes chimiques telles que NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -etc. Il existe quatre processus majeurs observés dans le cycle de l'azote. Ce sont la fixation, l'ammonification, la nitrification et la dénitrification. Beaucoup de ces processus sont effectués par des micro-organismes, en particulier des bactéries présentes dans le sol. Anammox est l'un des derniers ajouts au cycle de l'azote. C'est le processus d'oxydation anaérobie de l'ammonium. Un groupe spécifique de bactéries connues sous le nom de planctomycètes effectue ce processus. Ils possèdent un organite spécial appelé anammoxosomes, qui fournit le site de la réaction anammox. Cependant, à la fin, la dénitrification et l'anammox produisent de l'azote gazeux.