La principale différence entre l'atavisme et l'évolution rétrogressive est que l'atavisme est la réapparition soudaine de caractères ancestraux chez un individu, tandis que l'évolution rétrogressive est le déplacement des espèces de l'ensemble de la population vers des caractères primitifs.
Les traits peuvent apparaître ou disparaître avec le temps. Tout au long du processus évolutif, les traits ancestraux ont changé ou ont disparu au fil des générations. De plus, les organismes évoluent de formes plus simples à des formes complexes. La sélection naturelle est un mécanisme clé de l'évolution. L'atavisme et l'évolution rétrogressive sont deux concepts qui expliquent la simplification d'une structure. L'atavisme est la réapparition d'un trait ancestral qui avait été perdu au cours de l'évolution. Dans l'évolution rétrogressive, les organismes se développent en formes plus simples à partir de formes complexes. Dans les deux cas, les organismes évoluent vers des caractéristiques primitives.
