La principale différence entre contig et échafaudage est qu'un contig n'a pas de lacunes tandis qu'un échafaudage se compose de contigs et de lacunes.
Le séquençage du génome des organismes multicellulaires est très difficile par rapport au séquençage des organismes unicellulaires. Le séquençage par fusil de chasse du génome entier est une technique de séquençage du génome simple et rapide pour les génomes multicellulaires. C'est une méthode qui séquence de nombreux fragments d'ADN qui se chevauchent en parallèle. Dans cette méthode, de petits fragments sont assemblés en fragments plus grands, puis en contigs plus grands à l'aide d'un ordinateur. Ensuite, les contigs sont assemblés en échafaudages et enfin en chromosome. Par conséquent, contig est un tronçon continu de séquences nucléotidiques tandis que l'échafaudage est une partie du génome constituée de contigs et de lacunes. Le contig et l'échafaudage sont des séquences génomiques reconstruites.
