La principale différence entre les endospores bactériennes et les spores fongiques est l'organisation cellulaire des deux types de spores. Les endospores bactériennes sont des structures dormantes présentes dans les bactéries procaryotes. Les spores fongiques sont des structures reproductrices présentes dans les champignons eucaryotes.
Les endospores bactériennes sont présentes dans les cellules bactériennes, et ce sont des structures dormantes qui peuvent survivre aux conditions environnementales difficiles. Par conséquent, ces endospores germent lorsque les conditions d'environnement appropriées sont remplies. En revanche, les spores fongiques sont des exospores qui se libèrent à l'extérieur pour la sporulation.