Le différence clé entre l'acétyl CoA et l'acyl CoA est que l'acétyl CoA (ou acétyl coenzyme A) aide au métabolisme des protéines, des glucides et des lipides, tandis que l'acyl CoA (ou acyl coenzyme A) contribue au métabolisme des acides gras.
L'acétyl CoA est très utile pour fournir le groupe acétyle au cycle de Krebs pour la production d'énergie. Un groupe acétyle est un groupe fonctionnel de formule chimique -C (O) CH 3. Un groupe acyle est également un groupe fonctionnel ayant la formule chimique –C (O) R où le groupe R est une chaîne latérale d'acide gras. Il est utile dans la production d'énergie via la conversion en acétyl CoA.