Le différence clé entre l'endopeptidase et l'exopeptidase est que l'endopeptidase rompt les liaisons peptidiques dans les molécules protéiques tandis que l'exopeptidase clive les liaisons peptidiques aux extrémités des molécules protéiques.
Les protéines sont des macromolécules importantes, qui sont essentielles pour la plupart des réactions biochimiques se produisant dans tous les organismes. Différents acides aminés se rejoignent et forment ces protéines. De plus, les enzymes catalysent l'hydrolyse des protéines en acides aminés. Ce sont des enzymes spécifiques appelées protéases ou peptidases. Par conséquent, ils ont la capacité de décomposer les chaînes peptidiques de protéines en acides aminés. De plus, les peptidases peuvent être des endopeptidases ou des exopeptidases.