La principale différence entre UPGMA et l'arbre de jonction voisin est le type d'arbre phylogénétique résultant de chaque méthode. UPGMA est la technique de construction d'un arbre phylogénétique enraciné tandis que l'arbre de jonction voisin est la technique de construction d'un arbre phylogénétique non enraciné.
Les arbres phylogénétiques sont des diagrammes en forme d'arbre qui montrent les relations évolutives entre les organismes. Un arbre phylogénétique peut avoir différentes topologies selon la technique utilisée pour la construction de l'arbre. UPGMA et l'arbre de jonction voisin sont deux méthodes principales qui construisent des arbres phylogénétiques.
