La principale différence entre les stéréocils des cils et les microvillosités est que les cils sont de minuscules structures ressemblant à des cheveux composées de microtubules, tandis que les stéréocils sont des faisceaux de projections en forme de cheveux composés de filaments d'actine et les microvillosités sont des plis de membranes cellulaires composées de filaments d'actine.
Les cils, stéréocils et microvillosités peuvent apparaître comme des structures similaires lorsqu'ils sont observés de l'extérieur. Mais ils sont structurellement et fonctionnellement différents les uns des autres. Ce sont des structures ressemblant à des cheveux qui sont microscopiques. De plus, ce sont des fibres protéiques qui s'étendent vers l'extérieur des cellules.