La principale différence entre les moteurs moléculaires linéaires et rotatifs réside principalement dans le mouvement des complexes qui forment la protéine motrice. Alors que les moteurs moléculaires linéaires montrent un mouvement linéaire unidirectionnel parmi les complexes, les moteurs moléculaires rotatifs montrent des mouvements de rotation autour de différents complexes formant le moteur moléculaire.
Les moteurs moléculaires sont des biomolécules importantes qui participent à de nombreuses réactions, notamment associées à la génération d'énergie en termes d'adénosine triphosphate (ATP). Ils jouent un rôle central dans le mouvement ou le travail mécanique. Les protéines motrices utilisent l'énergie libre de l'ATP ou de l'hydrolyse des nucléotides triphosphates afin de produire une force mécanique. Il existe deux types de moteurs moléculaires: les moteurs moléculaires linéaires et les moteurs moléculaires rotatifs. Ils représentent deux modes de fonctionnement du moteur.