La principale différence entre la sélection stabilisante et équilibrante est que la sélection stabilisatrice est un type de sélection naturelle qui favorise les phénotypes moyens dans une population, tandis que la sélection équilibrée est le maintien de plusieurs allèles d'un gène au sein d'une population afin d'améliorer la diversité génétique.
La sélection stabilisante est un type de sélection naturelle qui s'applique à un trait phénotypique. Il favorise les phénotypes moyens dans une population. Par conséquent, il élimine les deux types de phénotypes extrêmes. En fin de compte, cela fait une population uniforme. L'équilibrage de la sélection consiste en plusieurs processus sélectifs qui maintiennent une diversité génétique avantageuse au sein d'une population en maintenant plusieurs allèles d'un gène. Par conséquent, cela s'applique à un locus de gène.