La principale différence entre la distance génétique et la distance physique réside dans le type de séquence utilisé pour analyser la distance entre deux populations de la même espèce. La distance génétique mesure la divergence génétique entre les espèces ou entre les populations au sein d'une espèce tandis que la distance physique mesure le nombre de nucléotides entre les deux marqueurs.
La distance génétique et la distance physique donnent un aperçu des relations évolutives entre deux populations d'une espèce. Par conséquent, les cartes de distance permettent de relier les populations à partir de données génétiques. Le séquençage du génome et l'analyse bioinformatique jouent un rôle important dans la détermination des distances génétiques et physiques.
