Le différence clé entre le codon de départ et le codon d'arrêt est que le codon de départ est la séquence trinucléotidique qui marque le début de la séquence qui se traduit en une protéine tandis que le codon d'arrêt est la séquence trinucléotidique qui marque la fin de la séquence qui se traduit en protéine.
Le code génétique d'un gène contient les instructions nécessaires pour fabriquer une protéine spécifique. Il contient des séquences trinucléotidiques appelées codons. Chaque codon spécifie un acide aminé. Les acides aminés sont les éléments constitutifs d'une protéine. Le code génétique de chaque gène commence par un codon de départ et se termine par un codon d'arrêt. Par conséquent, le codon de départ marque le site où commence la traduction en protéine. Stop codon, d'autre part, marque le site où se termine la traduction en protéine. Par conséquent, nous pouvons identifier ces deux codons comme deux signes de ponctuation dans le code génétique. Les deux sont des séquences trinucléotidiques spécifiques.
